赤峰市农牧科学研究院成立于2009年8月，由原赤峰市农业科学研究所与赤峰市畜牧兽医科学研究所合并组建而成。是一个以农作物、牧草育种，畜禽良种培育以及农牧业集成技术研究为主的综合性农业科研单位。
全院现有土地4000多亩，固定资产4000多万元，在编职工247人，其中专业技术人员178人，具有高级技术职称科技人员64人，博士后2人，博士研究生8人，硕士研究生72人（其中留学硕士3人）。内设行政处室4个、专业研究所14个，科研成果转化中心5个。
曾先后承担国家、自治区重大科研项目380余项，共取得科研成果470多项，获国家、自治区、赤峰市自然科学、星火科技、科技进步、丰收计划等成果奖励195项，获国家发明专利5项、实用新型专利4项，编写学术专著90多部，发表研究论文1170篇，其中在《FLOURIDE》、《FUNGAL BIOLOGY》期刊发表SCI论文3篇，填补了我院历史空白。具有代表性的重大科研成果有：谷子显性雄性核不育基因的发现；谷子显性核不育基因的遗传及应用技术；谷子显性矮秆基因的发现；玉米细胞质雄性不育新类型“双26”（赤型）的发现；谷子新品种“昭谷1号”、“赤谷4号”、“赤谷10号”的选育；国审春小麦新品种“赤麦5号”的选育；国鉴高粱新杂交种“赤杂16号”的选育；辣椒新品种“蒙椒4号”、“赤研1号”的选育；青贮玉米新品种“赤牧1号”的选育；中国草原红牛的培育；敖汉细毛羊的培育；乌兰哈达猪的培育等。
赤峰市农牧科学研究院，适应国家科技体制改革的要求，发挥成果资源优势、人才资源优势，加快科技成果转化，相继创办了农作物种子种苗、牧草种子、生猪、蛋鸡、饲料科技成果转化开发中心，将具有自主知识产权优良科研成果进行先进集成技术组装配套推广应用。目前，科技成果转化中心达到年推广农作物种子300万公斤，蔬菜种苗1000万株，引进牧草新品种30多个，试验筛选出适合赤峰地区的优良牧草品种16个，年生产推广优良牧草种子40万公斤，存栏基础母猪达到1100头，优良种母猪7500头，种公猪4500头，育肥猪12000头，优良蛋鸡母雏800万只，存栏父母代蛋种鸡达到18.2万套，年向社会推广优良商品代蛋鸡母雏860万只，在赤峰市场的占有率为40%以上，是自治区最大的科技型蛋鸡龙头企业。“双信”饲料年产畜禽保健浓缩饲料6.5万吨（折合成全价料19.5万吨）、预混料6800吨，在赤峰市场的占有率为40%以上，是赤峰市最大的饲料企业之一，被评为自治区、赤峰市饲料行业龙头企业；“蒙龙”、“赤研”、“君乐”是国内知名农作物种子、种苗品牌。在科研成果转化中倡导“以产品携带技术、以技术保障服务、以服务稳定市场”的服务理念，面向“三农”、“三牧”建立了完善的技术服务体系，选派一支技术精良、作风扎实的技术服务队伍，深入赤峰市的12个旗县区及周边地区农牧业生产一线，为农牧民开展全方位、义务性服务，年培训农牧民50万人次以上。
赤峰市农牧科学研究院，2002年被科技部批准为内蒙古赤峰国家农业科技园区农牧业高新技术开发园，并在园区内建立杂粮蔬菜作物专家大院和种畜禽饲草料专家大院；2005年被科技部批准为赤峰市蔬菜科技成果转化中心和赤峰地区畜牧业科技成果转化中心，被自治区农牧业厅认定为自治区级蛋鸡、猪肉无公害畜产品生产基地；2006年被农业部批准为内蒙古赤峰市松山区国家农作物品种区域试验站，被自治区人事厅批准为自治区级引进国外智力示范基地；2008年以来先后被农业部批准为国家现代农业产业技术体系赤峰谷子遗传育种研究室、赤峰玉米综合试验站、赤峰大豆综合试验站、赤峰高粱综合试验站、赤峰向日葵综合试验站、赤峰牧草综合试验站、赤峰糜子综合试验站、兴安盟燕麦荞麦综合试验站（荞麦部分工作）。2010年，中共赤峰市农牧科学研究院委员会被市直关心下一代工作委员会评为“模范基层关工委”；被赤峰市农牧业局系统党委评为“先进基层党组织”。2011年，中共赤峰市农牧科学研究院委员会被赤峰市农牧业局系统党委评为“先进基层党组织”，并被中共赤峰市直属机关工作委员会评为“先进党委”。2012年，赤峰市农牧科学研究院荣获赤峰市五一劳动奖状；赤峰市农牧科学研究院“双信”饲料科研成果转化基地被内蒙古自治区饲料标准化技术委员会评为“内蒙古自治区饲料工业协会副会长单位”；赤峰市农牧科学研究院被内蒙古自治区党委组织部、自治区人力资源和社会保障厅评为“内蒙古高层次人才创新创业基地”。2013年，赤峰市农牧科学研究院农作物成果转化中心被中共赤峰市直属机关工作委员会授予“企业文化建设十佳品牌单位”；赤峰市农牧科学研究院农作物成果转化中心职工创新工作室被内蒙古自治区总工会命名为“内蒙古自治区职工创新工作室”。2014年，赤峰市农牧科学研究院入选农业部全国100所“国家农业科技创新与集成示范基地”，被赤峰市委组织部、科技局、科协联合授予“赤峰市农牧科学研究院院士专家工作站”，被内蒙古自治区总工会授予“内蒙古自治区五一劳动奖状”，被中共赤峰市农牧业局系统委员会评为2014年度先进基层党组织；赤峰市农牧科学研究院农作物成果转化中心（赤峰农业科学研究所种子公司）被赤峰人民政府评定为第四批赤峰市农牧业产业化重点龙头企业。